Zachování nebo případná obnova a zvýšení druhové diverzity stávajících lučních porostů. Udržení charakteru rozsáhlých rákosinových porostů. Zajištění stanovištních podmínek pro četné druhy živočichů, zejména jako hnízdní biotop řady druhů ptáků.
Od doby vyhlášení území přírodní rezervací byly postupně, ale bohužel pouze zčásti, na ploše luk uplatňovány některé zásady obhospodařování vytýčené v plánu péče, zpracovaném pro toto území v roce 1995. Plochy nebyly hnojeny a větší část z nich byla víceméně pravidelně kosena zemědělskými subjekty, včetně odklízení pokosené biomasy. Od roku 2004 je většina luk kosena pravidelně 2x ročně v rámci AgroEnvi programu (celkem 18,42 ha). Ve společenstvech bezkolencových a některých částí nejvlhčích luk (s výskytem hrachoru bahenního) je ale tato frekvence kosení příliš častá a zejména termín první seče je příliš časný, což neumožňuje vykvetení a možnost dozrání semen řady charakteristických druhů těchto porostů. Následně se tento postup projevuje ve snížení druhové diverzity společenstev. Plochy odvodňovacích kanálů jsou z půdního bloku vyňaty, takže stoky a jejich nejbližší okolí není obsekáváno (ca v šíři 6 – 8 m) a postupně zde dochází ke kumulaci stařiny, hromadění živin a následnému růstu ruderálních druhů rostlin, které se odtud mohou následně šířit i do okolních luk. V současné době, vzhledem k příliš časnému termínu kosení lučních porostů, slouží v některých místech stoky a jejich okolí jako refugium řady druhů rostlin. Na plochách zatížených přítomností nitrofilních druhů (v jihozápadní části lučního komplexu v jižní části PR) došlo většinou k jejich kvantitativnímu úbytku. Vzhledem k velkému zamokření v pozdním létě a na začátku podzimu r. 2005 nebyla nejvlhčí část lučních porostů (zařazených v půdním bloku č.3402) podruhé pokosena. Vzhledem k časně letnímu pokosení této plochy s hojným výskytem hrachoru bahenního nebylo pozorováno jeho kvetení a tudíž ani absence druhé seče nemohla nic změnit na tom, že nedošlo k vytvoření žádných semen. Bohužel částečně ruderalizovaná bezkolencová louka v severovýchodním cípu lokality (u železniční trati) byla v průběhu posledních let kosena pouze nepravidelně (její kosení ustalo se zánikem Okresního úřadu) a kvalita porostu zůstala přibližně stejná jako v době zpracování minulého plánu péče, tudíž nevalná. Louky na jihozápadním břehu Zlivského rybníka, tvořené mozaikou společenstev Alopecurion, Molinion a Caricion gracilis zůstaly po většinu doby nekosené, teprve v současné době bylo započato s jejich pravidelným kosením, které je hrazeno z prostředků AOPK ČR, v jejímž vlastnictví tyto plochy nyní jsou.
Navržené zásahy v porostech terestrických rákosin a dalších vysokostébelných porostů nebyly realizovány. Rákosiny jsou dosud v relativně dobrém stavu přesto, že nebyly dosud koseny. Dochází v nich ale postupně k hromadění biomasy a místy k šíření nitrofilních druhů rostlin. V jihozápadní části rákosinových porostů byla koncem 90. let vybudována mělká tůň, čímž se zvýšila biodiverzita v tomto prostoru. V tůni dochází zejména k rozmnožování obojživelníků. Při povodni v roce 2002 byla celá plocha přeplavena vodami rozvodněného Soudného potoka. Do tůně se dostaly ryby, které zvyšují eutrofizaci (zejména rytím ve dně a vířením sedimentů) a případně požírají larvy obojživelníků. Vzhledem k nevypustitelnosti nádrže není možno ryby eliminovat.
Navržená opatření vesměs nebyla realizována, s výjimkou odstranění některých kalamitních situací (zejména spadaných větví a vývratů) s porostech stromů a keřů.
Severní částí chráněného území protéká Soudný potok a náhon Zlivského rybníka. Oba vodní toky zůstanou i nadále bez zásahu. V době vypouštění výše položených rybníků jimi protékají jejich vypouštěné vody. Průběžně je na obou tocích provozován sportovní rybolov.
Péče, spočívající v pravidelném kosení lučních, případně rákosinových porostů je současně i péčí o významné druhy, které se v těchto porostech vyskytují. Nejvýznamnější z nich je hrachor bahenní. Zdá se, že tento druh plodí pouze v letech, kdy je znemožněno sečení nebo je pouze jedna seč v pozdním létě.
Celková péče o chráněné území, tak jak je uvedena v tabulce dílčích ploch a plánovaných zásahů v nich, je v souladu s péčí o živočichy, kteří žijí na území PR. Ve vodních tocích a v tůni ležící západně od cesty vedoucí od železniční trati k terénní stanici Jihočeské univerzity je provozován sportovní rybolov. Na ploše chráněného území je povolen výkon práva myslivosti s výjimkou výstavby mysliveckých zařízení a přikrmování zvěře. Tento předpis ale není respektován. Na území ZCHÚ jsou minimálně dva posedy, dva zásypy, krmelec a myslivecké políčko. Tato zařízení (snad s výjimkou políčka) by bylo vhodné z území odstranit.
Přírodní rezervace Mokřiny u Vomáčků nemá speciálně vyhlášené ochranné pásmo a proto dle § 37, zák. 114/92 Sb. je jím území do vzdálenosti 50 m od hranice chráněného území. Severovýchodní hranici tvoří nezpevněná cesta a na ní navazující louky, jižně na PR navazuje rovněž louka a lesní porost, jihovýchodní hranice ZCHÚ probíhá z větší části vodní plochou Zlivského rybníka. Na přilehlých pozemcích se běžně hospodaří. Vhodné by bylo neměnit kulturu ploch ležících v ochranném pásmu na ornou půdu. Optimální by bylo snížit intenzitu hospodaření ve Zlivském rybníku. Severovýchodní hranici území tvoří panelová cesta a železniční trať.
V původní vyhlášce přírodní rezervace z roku 1991 je uvedeno v soupisu zaujatých parcel i pět parcel, které jsou v chráněném území pouze svou částí. V území po roce 2 000 došlo k digitalizaci katastru (k.ú.Zliv u Českých Budějovic) a pozemkovým úpravám, přičemž došlo k úpravě parcelní situace tak, že v současné době nejsou součástí chráněného území žádné části parcel. Vzhledem k tomu by bylo vhodné provést přehlášení přírodní rezervace tak, aby vyhláška byla v souladu se současným stavem, případně provést její zaměření v terénu a provést vyhlášení podle lomových bodů. Instalovat nové tabule (ca 4 kusy) na přístupových cestách podél rezervace a obnovit pruhové značení na kůlech a stromech podél jižní hranice území.
Provést přehlášení podle současné parcelní situace, případně zaměřit a stabilizovat v terénu a vyhlásit podle zaměřených lomových bodů.
Veřejnosti není vstup do rezervace povolen. Území je hojně využíváno sportovními rybáři, zejména tůň v severozápadní části území a tok Soudného potoka a náhonu. Vhodné by bylo zamezit rybářům procházení rákosinových porostů v době hnízdění ptáků (březen – červenec). Rovněž provozování práva myslivosti je v rezervaci hojně uplatňováno. Na území je umístěna řada mysliveckých staveb (posedy a krmelce) což je v rozporu s bližšími ochrannými podmínkami PR. Vzhledem k tomu je tato zařízení třeba z území odstranit, případně se s myslivci dohodnout na kompromisu a určitých podmínkách. Rovněž myslivci by neměli procházet lučními a rákosinovými porosty v době hnízdění ptactva.
Území je poměrně hojně využíváno studenty Jihočeské univerzity, protože v jeho těsném sousedství leží terénní stanice této školy, kteří zde často provádějí své terénní praxe a cvičení.
Provést inventarizační průzkum území (zejména botanický, případně i ornitologický a entomologický), který by navázal na průzkum zpracovaný v roce 1989. Provádět monitoring výskytu, kvetení a plodnosti hrachoru bahenního v závislosti na prováděném managementu.